เจ้าหญิงวิกตอเรีย ยูจีนีประสูติเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม พ.ศ. 2430 ณ ปราสาทบัลมอรัล มณฑลอเบอร์ดีนไชร์ ประเทศสกอตแลนด์ พระชนกของพระองค์คือ เจ้าชายเฮนรีแห่งบัทเทนแบร์ก พระโอรสองค์ที่สี่และองค์ที่สองในเจ้าชายอเล็กซานเดอร์แห่งเฮสส์และไรน์ ที่ประสูติกับเคาน์เตสจูเลีย ฟอน ฮ็อค ส่วนพระชนนีคือ เจ้าหญิงเบียทริซแห่งสหราชอาณาจักร พระราชธิดาองค์ที่ห้าและองค์เล็กในสมเด็จพระบรมราชินีนาถวิกตอเรีย

เนื่องจากพระชนกของเจ้าหญิงทรงประสูติจากการอภิเษกสมรสต่างฐานันดรศักดิ์ (morganatic marriage) จึงยังผลให้เจ้าชายเฮนรีทรงดำรงพระอิสรยยศเป็นเจ้าชายแห่งแบ็ตเต็นเบิร์กจากพระชนนี ซึ่งได้รับการเฉลิมพระยศเป็นเจ้าหญิงแห่งแบ็ตเต็นเบิร์กตามสิทธิ์ของตน ฉะนั้นพระธิดาในเจ้าชายเฮนรี่จะต้องทรงเป็น เจ้าหญิงวิกตอเรีย ยูจีนีแห่งแบ็ตเต็นเบิร์ก (HSH Princess Victoria Eugenie of Battenberg) แต่ในวันที่ 13 ธันวาคม พ.ศ. 2429 สมเด็จพระบรมราชินีนาถวิกตอเรียมีพระบรมราชโองการให้พระโอรสและธิดาในเจ้าชายเฮนรี่และเจ้าหญิงเบียบริซดำรงพระอิสริยยศชั้น Highness (ซึ่งเข้าใจกันว่าสูงกว่าชั้น Serene Highness สำหรับระบอบราชาธิปไตยที่ไม่ใช่ละติน) เจ้าหญิงทรงได้รับการขนานพระนามตามพระอัยยิกาสองทั้งพระองค์และตามแม่ทูนหัวคือ สมเด็จพระจักรพรรดินียูเจนีแห่งมอนติโจ พระมเหสีม่ายชาวสเปนในอดีตสมเด็จพระจักรพรรดินโปเลียนที่ 3 แห่งฝรั่งเศส ซึ่งประทับลี้ภัยอยู่ในประเทศอังกฤษ พระนามสุดท้ายของพระองค์ที่ตั้งขึ้นจากการประสูติในสกอตแลนด์ (เจ้าชายมอริส พระอนุชามีพระนาม "โดนัลด์" เป็นพระนามสุดท้ายในพระนามเต็มด้วยเหตุผลเช่นเดียวกัน) : เจ้าหญิงเบียทริซทรงเขียนว่า "Eua" ในเอกสารการประสูติ (ซึ่งเป็นชื่อภาษาเกลิก) แต่ดร. คาเมรอน ลีส์ ซึ่งเป็นประธานในพิธีศีลจุ่มได้อ่านผิดเป็น "Ena" ต่อมาเจ้าหญิงจึงทรงเป็นที่รู้จักในพระราชวงศ์และสาธารณชนอังกฤษทั่วไปว่า "เอนา" (Ena)

เจ้าหญิงวิกตอเรีย ยูจีนีทรงเจริญพระชนม์ขึ้นในราชสำนักของสมเด็จพระบรมราชินีนาถวิกตอเรีย เนื่องจากองค์พระประมุขแห่งอังกฤษได้พระราชทาน พระบรมราชานุญาตอย่างลังเลพระราชหฤทัยให้เจ้าหญิงเบียทริซอภิเษกสมรสได้บนเงื่อนไขที่ว่าพระองค์จะยังคงทรงเป็นผู้ดูแลพระชนนีที่ใกล้ชิดตลอดเวลาและราชเลขานุการส่วนพระองค์ เจ้าหญิงวิกตอเรีย ยูจีนีจึงทรงดำรงพระชนม์ชีพในวัยเยาว์ที่ปราสาทวินด์เซอร์ ปราสาทบัลมอรัล และตำหนักออสบอร์น บนเกาะไวท์ พระชนกของพระองค์ได้สิ้นพระชนม์ขณะทรงปฏิบัติพระราชภารกิจทางทหารหลังจากประชวรด้วยโรคไข้ป่าในทวีปแอฟริกาในปี พ.ศ. 2439 ภายหลังจากการเสด็จสวรรคตของสมเด็จพระบรมราชินีนาถวิกตอเรียในปี พ.ศ. 2444 ครอบครัวแบ็ตเต็นเบิร์กได้ย้ายไปยังกรุงลอนดอนและเข้าไปประทับในพระราชวังเคนซิงตัน ในช่วงฤดูร้อนที่ตำหนักออสบอร์น เจ้าหญิงวิกตอเรีย ยูจีนีทรงพบกับแกรนด์ดยุคบอริส วลาดิมีโรวิชแห่งรัสเซีย ซึ่งเป็นพระญาติในสมเด็จพระเจ้าซาร์นิโคลาสที่ 2 แกรนด์ดยุคทรงต้องพระทัยในเจ้าหญิงอังกฤษแสนงามพระองค์นี้มากและเมื่อทรงพบกันอีกครั้งในปี พ.ศ. 2448 ที่เมืองนิซา พระองค์ก็ทรงขออภิเษกกับเจ้าหญิง เจ้าหญิงทรงเกือบจะตอบรับแต่ก็ทรงปฏิเสธในตอนสุดท้าย